次世代シークエンス技術とその周辺技術の進歩は、がんゲノムのシークエンス情報をがんの臨床に応用することを可能としている。実際欧米の先進施設ではキャンサーボードの中で高速遺伝子配列解析が応用され、バイオマーカーとして診療に応用されている。我々は、比較的安価で少量のサンプルから短時間で解析できる半導体チップ型の次世代シークエンサー解析を臨床に応用するため、超マルチプレックスのPCR技術を用いて一度に409の標的がん遺伝子を16,000個以上のプライマーで増幅、遺伝子解析ができるIon AmpliSeq と Comprehensive Cancer Panelを使用するIon Trent Proton半導体シークエンサーによるゲノムシークエンスプラットフォームを構築し、がんゲノム解析の臨床診断への応用に取り組んでいる。凍結サンプルからの予備実験では、平均95.4％以上の解析領域が540回以上の読み取りが可能で、平均2514回の読み取りが可能であった。しかしFFPEサンプルでは、解析領域は平均91.1％で790回以上の読み取りが可能で、平均読み取り回数は3962回であった。増幅領域が長い領域での解読が難しい傾向が見られたが、既存の多くの遺伝子変異が存在するホットスポット領域に限るとFFPEでも95％以上と良好な解析が得られていた。この結果より、FFPEサンプルの保存状況や病理所見、治療の影響、さらにDNA調整、マルチプレックスPCR、次世代シークエンスのプロトコールの条件等の検討を加えればFFPEサンプルでも十分解析可能と判断し、さらに症例数を増やして条件検討を行っている。パラフィン標本（FFPE）からもスタートできる少量のDNA（数十ナノグラム）で、数千回のゲノムカバレッジを短時間で検討できる比較的安価な解析系が構築されたことで、既知及び未知のがん関連遺伝子の変異や多型（点変異、欠失、増幅）を解析できるものと期待される。　本発表では、14種類のがん腫においてこの遺伝子解析プラットフォームの評価と臨床に応用するに当たって、我々が経験した利点と問題点について議論したい。また同定された遺伝子変異についてもサロゲートマーカーとしての可能性を報告する。